در این روش مولکول ها ر اباید باردار کرد تا بر اساس میزان حرکتشان در یک میدان الکتریکی از هم جداشوند. در این صورت یون های مثبت به سمت الکترود منفی (کاتد) و یون های منفی به سمت الکترود مثبت (آند) مهاجرت می کنند.مولکول های بی بار هم بی حرکت باقی می مانند.بار بیشتر و اندازه کوچکتر منجر به مهاجرت سریع تر می شود. در الکتروفورز نیاز به یک بافر داریم که در بستر جامد مانند کاغذ ویا ژل نیمه جامد نگه داشته می شود و باعث رسانایی جریان الکتریکی که توسط ولتاژخارجی اعمال می شود،می­ گردد. مهم ترین روش های باردارکردن: استفاده از اسیدها و بازها,حلال های قطبی برای تفکیک یون ها,تشکیل پیوند هیدروژنی,قطبی شدن و تشکیل زوج یون کاربرد اصلی الکتروفورز در جداسازی ,ایزوله کردن و خالص سازی مقادیر کم ترکیبات است. برای مقایسه سیستم های مختلف این تکنیک از تحرک یونی استفاده می کنند.نوع دیگری از الکتروفورز، الکتروفورز مویین (CE) است.این تکنیک که عمده ترین کاربرد آن در شیمی دارویی و درمانی است، برای جداسازی مولکول های درشت و ریز در مجاری بسیار نازک (با قطر داخلی 200-20 میکرومتر) استفاده می شود. در این روش، جداسازی با ولتاژ بالا 10-30 (KV) امکان پذیر می شود.پروتئین ها به علت خصوصیات آمفوتری خود تحت تأثیر PH محیطی که در آن قرار داشته باشند بار الکتریکی خاص خود را نشان می دهند. بدین ترتیب در جداسازی توسط الکتروفوز باید PHمحلول های مورد استفاده ثابت باقی بماند از آن جا که الکترولیز آب در آنود یون های “H+” و در کاتود یون های “OH-” ایجاد می کند برای ثابت نگاه داشتن PH محلول های مورد استفاده آن ها باید بافر شوند.